Soldier of Fortune 2 opowiada o dalszych losach J. Mullinsa i jego współpracownikach: Sam'ie Gladstone'ie oraz Medline Taylor. Należy wspomnieć, że Medline jest nową partnerką Johna i Sama. Poprzedni partner, Aaron Parsons zginął z ręki głównego poszukiwanego z części I SOF'A.
10 lat temu Mullins pomógł Radzieckiemu naukowcowi dr. Piotrowi Ivanovich'owi, który uciekł z ZSRR do USA.. ale przed tą ucieczka ukrył preparat z pewnym, bardzo niebezpiecznym wirusem. Odnajdują ten preparat terroryści... i cóż, SHOP, organizacja działająca z ramienia ONZ, wzywa John'a do kwatery, by omówić jaka jest sytuacja, w tym przypadku John i jego przyjaciele powracają do służby, by powstrzymać terrorystów przed zastosowniem tego wirusa.
Twoja misja: Znajdź tajemniczego globalnego terrorystę z oragnizacji Prometheus zanim on rozpowszechni wirusa i zniszczy cały świat.
